Sunt suprafete restranse, din interiorul rezervatiei (in RBDD cca 9 % din teritoriu), in care se pastreaza, in conditii nemodificate sau putin modificate de om, specii de plante si animale precum si mediul lor de viata. Rolul lor principal este de conservare a vegetatiei caracteristice si de refugiu pentru diferite specii de animale. Pe teritoriul RBDD exista 18 astfel de zone de protectie.