Zonele strict protejate sunt suprafete restranse, din interiorul rezervatiei (in RBDD cca 9 % din teritoriu), in care se pastreaza, in conditii nemodificate sau putin modificate de om, specii de plante si animale precum si mediul lor de viata. Rolul lor principal este de conservare a vegetatiei caracteristice si de refugiu pentru diferite specii de animale. Pe teritoriul RBDD exista 18 astfel de zone de protectie.
Zone tampon: sunt zonele care inconjoara zonele strict protejate si in care pot avea loc activitati traditionale ale locuitorilor deltei (pescuit, recoltarea stufului, pasunat, culturi agricole pe suprafete restranse, precum si practicarea turismului, toate sub un control strict). In RBDD exista 223.300 ha de zone tampon (circa 39 % din teritoriu).
Zone de reconstructie ecologica: zonele economice amenajate pentru agricultura, piscicultura sau silvicultura care nu au mai raspuns cerintelor economice pentru care au fost create, au fost trecute pe lista zonelor care vor fi redate circuitului natural. 11.425 ha au fost deja refacute din punct de vedere ecologic, aceasta suprafata reprezentand cea mai mare suprafata de reconstructie ecologica din Europa. Aceste zone si-au reluat functiile naturale de zone umede, oferind speciilor de plante sI animale locuri noi de refugiu, hranire si reproducere.
