Polderul Zaghen este situat in partea de est a municipiului Tulcea, intercalat intre limita estica a localitatii Tulcea, bratul Tulcea al fluviului Dunarea, la nord si drumul judetean DJ 222C Tulcea-Malcoci.
Zona vizata este amplasata in “incinta indiguita Tulcea-Malcoci-Nufaru”, din punct de vedere administrativ apartinând Primariei municipiului Tulcea si comunei Nufaru.
Din punct de vedere hidrografic, zona se incadreaza in bazinul hidrografic al Dunarii, pe cursul inferior la confluenta cu Delta Dunarii si este identificata ca parte a luncii inundabile a Dunarii.