Din punct de vedere al speciilor, pe teritoriul Deltei Dunării, amfibienii, dar și reptilele sunt bine reprezentați.
Din punct de vedere al densității, la acest capitol, broaștele acvatice dețin supremația, rețeaua hidrografică complexă contribuind la abundența acestora.
Aici regăsim cu preponderență 7 specii de broaște: broastele verzi de lac (complexul Pelophylax esculentus, format din speciile Pelophylax ridibundus, Pelophylax lessonae și specia hibridogenă Pelophylax kl. esculentus), broasca râioasă verde (Bufo viridis), izvorâșul cu burtă roșie (Bombina bombina) sunt larg răspândite în Delta Dunării; broasca de pământ brună (Pelobates fuscus) este comună în zonele nisipoase din Delta propriu-zisă, pe când broasca de pământ dobrogeană (Pelobates syriacus) este mai rară, fiind întâlnită numai în zona Histria și grindul Chituc.
Mai rar, se întâlnesc tritonii, prin 2 specii, datorită modului lor de viață, acvatic în perioada de reproducere și nocturn-terestru în restul anului: tritonul dobrogean (Triturus dobrogicus) și tritonul comun (Lissotriton vulgaris).
Testoasele sunt reprezentate prin: testoasa de uscat dobrogeana (Testudo graeca ibera) – destul de rară în arealul Deltei, frecventă în zona Istria – și testoasa de apa (Emys orbicularis), frecventă în toate zonele acvatice din Delta. Testoasa de uscat dobrogeană este declarată monument al naturii.
Dintre șopârle, pot fi întâlnite 5 specii: șopârla de câmp (Lacerta agilis) este cea mai comună specie, putând fi întâlnită în majoritatea habitatelor terestre din Delta; șopârla de nisip (Eremias arguta deserti) este o specie foarte rară în România, trăind, pe lângă zonele din Delta, numai la Rezervația Hanu Conachi din județul Galați; în Delta, ea poate fi observată pe grindurile Letea, Sărăturile și Caraorman, precum și în zona Vadu. Șopârla de zid (Podarcis tauricus), gușterul vărgat (Lacerta trilineata dobrogica), gușterul (Lacerta viridis) și șopârla de stepă/de iarbă (Podarcis tauricus) pot fi întâlnite în Rezervația Biosferei, dar exclusiv în zonele limitrofe ale Deltei propriu-zise (zonele Tulcea, Istria, Vadu).
Șerpii sunt reprezentați de 6 specii: în zonele nisipoase acoperite de pipirig (Juncus sp.) de pe grindurile Letea, Sărăturile și Perișor, poate fi întâlnită vipera de stepă (Vipera ursinii), singura specie veninoasă din Delta; aceasta este de mici dimensiuni, se hrănește predominant cu insecte și nu este considerată periculoasă pentru om; de asemenea, această specie este considerată critic periclitată. Șerpii neveninoși din Delta Dunării sunt reprezentați de: șarpele de casă (Natrix natrix), șarpele de apă (Natrix tessellata), balaurul dobrogean (Elaphe sauromates), șarpele rău (Dolichophis caspius) și șarpele de alun (Coronella austriaca). Șarpele de apă îl regăsim preponderent în zona complexului lagunar Razim – Sinoie. Șarpele de casă este cel mai răspândit în tot arealul Deltei. Șarpele de alun a fost semnalat în Pădurea Letea și în zona grindului Chituc. Celelalte specii de șerpi trăind în mod deosebit în stepele aride din zonele periferice ale Deltei propriu-zise (zona Histria, Tulcea).
Toate speciile de reptile sunt protejate prin lege.
